明朝末年，清兵入關，改朝換代之時，傳教士們在戰亂中，也受波及，其中有七位耶穌會神父死於非命。

另外，第一位在中國正式為信仰殉道的傳教士，是道明會神父真福嘉彼辣(Francisco de Capillas)。嘉彼辣神父在福安步行傳教，一身舊衣，只有一本日課，一尊苦像，別無他物。當時外教者憎恨天主教，唆使清兵攻擊教友，最後嘉彼辣神父被捕，受酷刑，在1648年1月15日被斬首。

當時明朝在南方，被稱為南明。耶穌會神父瞿安德(Fr. Koffler)向皇族傳教，令多人受洗。最後，瞿安德神父在1651年被清兵殺害。

這是明朝末年，傳教士被殺的事跡，亦是改朝換代中的慘劇。(明)