在乾隆之前，雍正帝是較為嚴厲對待天主教。雍正年間，有教案三件。

第一件是蘇努案。蘇努被雍正認為是助其他皇子爭位之大臣，而剛巧蘇努一家74口都是天主教徒，十分虔誠。雍正帝於是發難，於1724年判蘇努第六子、第十二子流放西寧，蘇努亦以77歲高齡，身繫鎖鍊，與子孫39人被流放到塞外右衛，死後屍身揚灰，抄家滅族。

第二件是穆敬遠神父案。穆神父是耶穌會士，1700康熙年間來華，與諸皇子交好，且給蘇努子付洗，觸怒雍正，被充軍到西寧。1726年，帝命在飯中放毒，中毒後痛苦十二天死亡。

第三件是趙昌案。趙昌是康熙親信，負責與西方傳教士來往事宜，非常佩服傳教士之品德學養。雍正即位後，由仇教官員進讒言，被雍正帝下獄判死，趙昌在獄中領洗，聖名若瑟，時75歲，死於獄中。(明)