經過嚴厲的雍正及相對寬容的乾隆後，便到嘉慶。嘉慶帝延續了禁教的政策，傳教士於是轉為秘密活動，起初朝廷也不知道。

直至嘉慶十年(1805)發生了德天賜案。被批准在北京居住了二十七年的意大利奧斯定會德天賜神父，托一位教徒陳若望，帶一份傳教地圖至澳門，轉送羅馬梵蒂岡。陳若望被江西巡撫拿住，上奏朝廷，朝廷才發現全國有不少傳教士秘密活動，且又擔心地圖實交給英國人，以進攻山東的參考地圖。結果德天賜被監禁，陳若望被發往伊犁為奴。

全國開始嚴查天主教，傳教習教皆治罪，北京四大教堂派兵看守，在欽天監供職之洋人，外出要事先申報，且要有官員同行，不得與滿族人士來往，其他洋人則全遣送出境。

經過朝廷出令，全國便掀起反教事件，貴州、四川、湖北、湖南、北京等地都有大搜捕。聖吳國盛在1814年、聖張大鵬在1815年因不肯背教，被處絞刑。巴黎外方傳教會聖徐德新主教在1815年被處斬，首級懸城門三日。國籍神父趙斯定死於獄中，童鰲被處絞刑，八旬教友張萬效永遠戴枷鎖示眾。

1816年，國籍神父袁在德被捕被拷，被追問「爾國臨格」是何意思，最終被絞。1818年，國籍神父劉翰佐被捕，也被處絞刑。

1819年，劉克來神父被捕，在1820年處絞刑

意大利神父藍月旺，在1815年被捕，監禁五年，在1819年處絞刑，也是其後的中華殉道聖人之一。(明)