中國天主教愛國會第一屆會議後，主教們都希望重開修院，培育下一代。但可惜這些承諾沒有兌現，到1958年，自選自聖，愛國會被迫與教廷完全分離，更多神父被囚。

而由於梵蒂岡對自選自聖主教的絕罰聲明，教友們都不願接觸這些主教，聖堂空置，結果是，很多地方主教索性把聖堂及附屬地方「捐獻」給國家。其他不願和政府合作的神職人員均被捕入獄或送往勞改。而自選自聖的行為一直繼續，到1963年4月7日，自選自聖人數超過五十人。

1962年，愛國會召開了第二次大會，大會有五大重要決議：

1. 接受共產黨領導，走社會主義道路，擁護總路線、大躍進、人民公社，積極為建設社會主義服務。
2. 反帝愛國，保衛世界和平，反對美帝侵佔台灣和製造兩個中國。堅決擺脫羅馬，實現自立自主辦教。
3. 加強政治學習，勞動鍛煉、社會實踐。肅清羅馬教廷反動思想影響，加強政治思想的自我改造。
4. 服從生產、國家政策法令和社會主義利益前提下，適當安排宗教生活。
5. 協助教區辦好一所神學院，培養熱愛祖國、高深造詣神職人員和知識分子。展開搜集、整理、綜合、研究中國天主教文史資料的工作。

明顯地，這些決議都是政治性的，沒有牧民或宗教意義。所以，最後也沒有辦好一所神學院。

1958-1965年間，多位主教在獄中或外間逝世，包括周濟世總主教。

有一位自選自聖的主教董文隆主教，在1963年，在教會事務上和政府發生意見，被打為右派，軟禁在濟南市洪家樓主教座堂。這一位愛國會主教受打擊，只是先兆，在文革時，所有神父主教，無論是否愛國會，全都遭殃。(明)