清兵入關後，多爾袞及順治帝皆十分喜愛耶穌會士湯若望，委任他為欽天監，任職近二十年，順治帝更稱湯若望為「瑪法」。

順治死後，年幼的康熙帝繼位，朝庭中回教及佛教中人便開始攻擊湯若望。其中最著力的便是楊光先，1644年上書禮部，指湯若望推算曆法有誤，又傳布邪教。康熙年幼，四位輔政大臣對天主教無好感，蘇克薩哈更敵視湯若望。

結果，湯若望、利類思、安文思及南懷仁四位外藉神父一同下獄，七位奉教的清朝官員也同罪。各人被囚禁六個月，每日提審，湯若望被判凌遲處死，清朝官員斬首，其他傳教士充軍。

五位奉教官員已執行斬首，其他傳教士之刑亦要執行之際，天上出現彗星，京城地震，皇宮火災，眾人皆驚。當輔政大臣向太皇太后呈上判決書，太皇太后大怒，反問大臣順治帝如何尊重湯若望，大臣為何待他如囚徒？太皇太后下令釋放所有傳教士。

在受迫害期間，全國其他傳教士均押解至廣東囚禁，直至1671年，傳教士才獲釋。

湯若望年紀已大，受了這折磨後，只多活一年，便離開人世了。死時七十五歲。(明)