景教之後，下一波傳到中國的天主教人士就要數方濟會的孟高維諾，在元朝，即蒙古人統治的時代，元朝一代，有教友三萬人，大多是皇室人士或蒙古貴族。元朝覆亡後，隨著元朝而建立的天主教會，自然地煙消雲散，這也不是什麼迫害的結果。可以說，元朝蒙古人對天主教及中國本土的宗教都一視同仁。

再後一波，當然就是利瑪竇之傳教。利瑪竇的傳教策略，和他的先輩有很大分別，他盡力學習中國文化，融入中國士大夫的社會，和士大夫建立極深的友誼。雖然利瑪竇不能實現他見皇帝的理想，但他建立的傳教策略，成為後人典範，而利瑪竇在世時，他所建立的天主教會，也沒有受到明朝政府的迫害。

利瑪竇1610年逝世，1616年，明朝吏部侍郎沈漼向萬曆皇帝上書，說傳教士與白蓮教有染，請皇帝處死所有傳教士及教徒。徐光啟立刻上書保教。最後萬曆帝神宗下詔，押解所有傳教士徒廣州，以便遣送回國。幸好，藉各地教徒的官紳及友好保護，詔命未嚴格執行。但在南京的教堂及傳教士住宅均遭拆毀。王豐肅神父(Fr. Vagnoni)及曾德昭神父(Fr. De Semedo)被囚禁在木籠中押至廣州，然後驅逐往澳門。熊三拔和龐迪我神父也從北京遭驅逐。是次教難被稱為「南京教案」。

當時，留在中國的有14位耶穌會士，8位是歐洲神父，6位是中國修士，他們被迫離開自家，往楊廷筠家中暫避。隨後的年月，他們仍設法傳教及牧養教友。1621年，教難又起，南京教友被捕受酷刑致死。及後沈漼失勢，而明朝又開始內亂，朝庭也忙於平亂及對付外敵，傳教士遂可以有喘息之機，做一點點的傳教工作。

教難，是人為因素而致的。(明)